Una muy buena manera de trabajar con documentos extensos en 
Por ejemplo, he estado trabajando con un documento que inicialmente era un solo archivo .tex, pero decidi estructurarlo y para ello tuve que dividirlo en partes.
Mi documento principal o root contiene todo lo base, el preambulo, los estilos, tipo de letra y otras características del documento. Tiene la estructura normal de cualquier documento:
%%%%% main.tex %%%%%
\documentclass[12pt,oneside]{report}
\linespread{1.2}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{color}
\usepackage{ulem}
\usepackage{fixltx2e}
\usepackage[colorlinks,citecolor={green},linkcolor={green}]{hyperref}
\usepackage{utopia}
\usepackage{textcomp}
% \author{Joel D\'avila Balladares}
% \title{\textbf{Los D\'ias del Mar}}
% \date{}
\begin{document}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\input{titlepage} %Esta es la pagina del titulo o encabezado
\input{presspage} %Pagina de imprenta
\input{thanx} %Agradecimientos
\input{preamble} %Preambulo
\input{contents} %Contenidos
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\end{document}
La diferencia viene en su contenido.
\input{titlepage}
por ejemplo, llama el archivo titlepage.tex, y asi sucesivamente para el resto del contenido.
Los archivos que conforman el contenido son compilados a partir de main.tex, bajo el comando
\input
y no contienen más código que el que ya los define en main.tex, por lo tanto no pueden ser compilados de manera separada.
Esta manera de estructurarlos agrega facilidad en la edición.
Siempre que inicio un nuevo documento lo hago en un nuevo directorio, en el que incluyo las imagénes correspondientes, entre otros, asi me aseguro de contar con relativa unidad.
